99年度補稅單以北區國稅局的轄區最多，超過10萬件，補稅金額16億4116萬元，應補稅額在2萬元以下的約占8成。
補稅單件數次多為財政部中區國稅局管轄的中部五縣市，補稅案件6萬餘件，補稅金額5億4900萬元，逾9成的補稅金額在2萬元以下。
台北市補稅5萬2773件，但補稅金額排名第二，共約9億1721萬元。財政部台北市國稅局表示，主要補稅原因為納稅義務人短漏報所得、重複申報扶養親屬或扶養不符合規定的其他親屬、稅額計算錯誤、未依規定檢附相關證明文件等。
財政部南區國稅局轄區補稅3萬7432件，補稅金額3億800萬元。高雄市補稅3萬3663件，補稅金額3億1617萬元。
國稅局表示，持補稅單可到代收稅款的金融機構繳款，或利用自動櫃員機、晶片金融卡、信用卡網路繳款。補稅金額在2萬元以下者，可就近到統一（7-11）、全家、萊爾富、OK便利商店繳納。
國稅局提醒，在便利商店繳稅，務必索取並留存加蓋店章的繳款書收據聯及交易明細表，作為繳稅憑證。