農委會動植物防檢局副局長黃國青跨海監督，說明此次口蹄疫病毒經核酸序列，檢驗為曾在日、韓大規模爆發的Ｏ型東南亞株病毒，日韓共撲殺上萬隻，為台灣地區首度發現的新型病毒，發生原因迄今不明，不排除自一水之隔的大陸傳染。
這也是金門繼八十八年六月爆發牛隻口蹄疫，撲殺五場一八九頭（銷台禁令至去年才解除）之後，再度發生口蹄疫事件。但當時感染的病毒是O型-金門株病毒，與這次發現的病毒不同，兩起並無關聯性。
元月廿七日，金寧鄉公所獸醫向防疫所通報，該鄉許姓養豬場有一頭豬出現跛腳現象，該頭豬隻蹄冠輕微紅腫，但是鼻吻無異狀，也無流涎。因該場地板濕滑，無法確認係關節炎或其它疾病。為求慎重，仍採取預防處理包括全場以一百倍消毒水徹底消毒、採血卅頭送驗，並簽發移動管制單。
隔兩天，防疫所再派員到場診視，發現一頭離乳仔豬前右蹄損傷，顯示可能罹患口蹄疫。農委會隨即預防性撲殺和焚化七十四頭。次日，再撲殺鄰近吳姓養豬場的兩頭疑似病豬。
前天農委會確定為Ｏ型東南亞株口蹄疫病毒，當晚再撲殺焚化兩座養豬場剩餘豬隻四百五十四頭，累計已撲殺五百卅頭。金門前天原有一批牛肉要銷台，農委會緊急下達禁令，未來將在全面採血監測，確認安全後再行開放。
金門目前在養豬隻一萬七千七百餘頭、牛隻五千餘頭、羊隻八千餘頭和鹿隻八百八十頭，最快在三天內完成健康訪視，目前迄未發現蔓延感染，且因牛隻在去年十一月底剛完成疫苗注射，防疫單位較為放心。