近日有網友指稱，中選會計票網站一月十四日晚間九時三分及九時六分兩時間點公布的總統候選人得票數，蔡英文、蘇嘉全得票數不升反降，質疑中選會作票。
中選會表示，電腦計票作業有ＳＯＰ（標準作業程序），過程中任何的更正都需依照ＳＯＰ辦理，必須經鄉鎮市區選務作業中心的執行秘書確認，再經縣市選委會的總幹事批示，最終送至中央選情中心的選舉作業組確認後，才可更正，計票過程中發現錯誤的更正是計票作業正常程序之一。
中選會指出，當天兩個時間點蔡英文得票數不升反降，主要是因為新北市永和區第一六一六開票所的候選人得票數登錄錯誤，經完成ＳＯＰ更正程序後，先註銷這個開票所的票數所致。
中選會說，這次總統副總統及立委選舉各投開票所的投開票報告表，在開票結束後都張貼在各投開票所門口，並將副本交給推薦候選人的政黨或候選人指派的人員。每一投開票所得票數列表寄送各候選人，各投開票所的開票結果也公布在中選會網站，開票紀錄都有保存，過程公開透明，並無計票不公情事。