阿公店溪九成六河段 嚴重污染
環保署檢測項目包括懸浮固體、溶氧、氨氮、生物需氧量；長期遭受工業廢水污染的阿公店溪，去年惡化長度從二十．二公里，增加到二十八．七公里，增加八．五公里，增加長度最多，整條河川有九成六河段是嚴重污染。環保署強調，阿公店溪上游阿公店水庫集水區水質沒有問題，污染河段都位於中下游。
長期遭到畜牧業污水污染的北港溪，去年增加八．一公里嚴重污染河段，累積嚴重污染長度高達三十八．七公里，排名全部河川第一名。還有急水溪增加四．二公里，南崁溪增加二．六公里，中港溪增加二．一公里嚴重污染河段。
去年降雨量比前年少 影響河川淨化
環保署水保處長許永興表示，這些河川除了周遭有生活污水、工業廢水或畜牧業養豬廢水污染外，根據氣象局資料，去年降雨量比前年少，河道水量較少，影響河川淨化，也是水質變差原因之一。
10條河川水質變佳 淡水河在內
不過去年也有十條河川水質變佳，分別是淡水河、高屏溪、新虎尾溪、鹽水溪、二仁溪、太平溪、朴子溪、大甲溪、得子口溪、老街溪。其中包括二仁溪、淡水河在內的九大重點河川嚴重污染程度，從九十六年的十二．八％下降到一百年的十一．七％，河川不缺氧的合格率，從九十六年的八十三．九％，提升到一百年的八十六．二％，水質獲得改善。
許永興表示，環保署近幾年推動重要河川污水截流，全台有九十八處現地水質淨化設施，配合地方政府成立河川巡守隊有了成效，以往民眾印象中污染嚴重的河川，逐漸有清淨面貌。