台灣高鐵自3月2日（五）起，每週南下、北上各規劃一班直達列車增停台南站，分別為週五晚間19時12分自台北站發車之1377車次，以及週一上午6時42分自左營站發車之1354車次直達列車。台南北上最多可省18分鐘，南下台南最多亦可節省16分鐘，旅客可自2月4日（六）起預購調整停站模式之列車車票。
台灣高鐵曾分別在2011年清明、中秋連續假期及2012年元旦、春節等旅客較多的疏運期間，加開增停台南站之直達列車；經評估旅客需求、列車運轉調度及整體營運服務效益等面向後，決定自3月2日起，規劃每週兩班「台北—板橋—台中—台南—左營」停靠模式列車，以疏緩假日返鄉及收假日返回工作地之搭車人潮。