100學年度高中籃球甲級聯賽（HBL）從去年10月31日開始進行男、女生組資格賽，當時女生6隊取5隊、男生則是17隊取4隊，當中不乏傳統強隊捲土重來，例如男生組的強恕高中、基隆商工。
女生組接著在去年11月16日開始進行預賽，共12隊取8強晉級，分別有北一女中、淡水商工、滬江高中、普門高中、治平高中、永仁高中、金甌女中、陽明高中出線，而上季冠軍是滬江，本季尋求二連后。
男生組去年11月22日起舉辦預賽，共16隊取12隊，接著今年1月3日複賽，由能仁家商、強恕高中、宜蘭高中、青年高中、南山高中、基隆商工、泰山高中、新榮高中晉級8強，可惜的是松山高中無緣8強，宣告4連霸夢碎。
能仁在97、98學年度連兩季在總冠軍賽鎩羽而歸，都獲得亞軍，南山在99學年度敗給松山，無緣封王，不過能仁和南山在複賽都打出5連勝，加上松山提前出局，這兩隊被視為奪冠大熱門。
HBL男、女生組準決賽將各選出4支球隊，晉級3月3、4日在台大綜合體育館進行的總決賽。