教育部長吳清基說，劃時代重要法案，攸關中央政府教育部組織架構的大變革。整體組織改造的核心在於，整併行政院體育委員會及部分行政院青年輔導委員會（2-4處）業務，將教育、體育、青輔三合一。
吳清基說，因應未來十二年國教的實施、全民體育的推動及加強青年事務的輔導等，分別成立國民及學前教育署、體育署及青年發展署等3個機關。
吳清基說，教育部本部業務方面，此次組織改造除大幅整併原有業務單位外，並以加強政策規劃研究功能、重視師資培育、藝術教育、學生事務、特殊教育與原住民族教育為要，成立師資培育及藝術教育司、學生事務及特殊教育司等。
教育部表示，法案也確立教育部附屬三級機構，除了國家教育研究院組織法已於民國99年12月8日制定公布外，還包括國家圖書館、國立海洋生物博物館、國立自然科學博物館（含國立鳳凰谷鳥園）、國立科學工藝博物館、國立台灣科學教育館、國立教育廣播電台、國立公共資訊圖書館及國立台灣圖書館等8個館所也在今天完成三讀，將協助教育部推動各項研究、展示、服務與教育的功能。
教育部說，此次組織的調整確實是勢在必行，因目前適用組織法是民國62年修正，迄今已逾39年之久，在這將近40年間，面對國內社會環境急劇變化、國際情勢巨大轉變及民眾對教育發展殷切的期盼，政府必須審慎進行教育組織的變革，以因應未來複雜而多元的世界。