像是將遭裁併到教育部下的青輔會，其青年就業功能撥給勞動部後，剩餘業務已與教育部大幅重疊，卻未依其功能整併進相關司處，而是原封不動地在教育部下成立青年發展司；甚至為進一步保全其組織，還拜託國民黨立委提案，把青年發展司再升格為青年發展署，以享更獨立、不受干預之空間。
原本要移撥勞動部的青年就業業務，更出現經費、員額都跟著青輔會走，未按應有比例移撥給勞動部，讓要升格為勞動部的勞委會，落得「有權卻沒人、沒錢」的窘境，在強烈表達不滿後，迫使行政院不得不出面仲裁。
組改法案初審過程中，各部會為保存或壯大自己的實力，紛紛透過立委提案加碼增設三級機關，搞得當初預設的總量管制破表。為使帳面數字符合規定，行政院還玩起文字遊戲，讓部分三級機關改以署、局以外的名稱，或以地方分支機構的名義設置，規避總量管制。
本應趁組改進行業務整併，最後卻淪為各部會本位主義下的人員、官職保衛戰，各方利益擺不平，成了內政部等十七個部會的組織法無法完成立法、修法的最大絆腳石。
組改因總統、立委併選，荒廢了大半年沒有確切進展，現在卻要突然飆車通關，恐怕會讓組織再造後的政府運作，更加問題重重。