翁啟惠更期許馬總統摒除種種障礙，推動稅制改革，「政府財政困境如果沒有改善，就很難推動改革。沒有錢，怎麼推動國家建設？怎麼縮短貧富差距？怎麼改革健保制度？」政府長久以來，一直在降稅，「對沒有連任壓力的馬總統而言，現在是全面重新檢討我國稅賦制度公平性的最佳時機。」
翁啟惠認為馬總統既然得到過半數選民支持，就應該好好放手去做，實現自己的理想。台灣沒有自然資源，全靠人力資源，站在學術界的立場，當然希望政府持續加強教科研投資及人才培育，落實推動公教研分體制度。翁啟惠表示，台灣產業要走創新研發、多元發展，避免過度集中，尤其是生技、文創和綠能等產業都須要長期投資經營，政府應捨棄短視近利。