原子能委員會說明，台電公司龍門（核四）工程其實過去就被開過罰單，原因是未依法規辦理設計變更作業，所以原能會曾在97年4月2日及同年11月19日連續開立3件裁處書，共處台電公司合計400萬元罰鍰。
原能會上次並要求台電公司停止違法自辦設計變更的行為與有關設計變更案的現場施工作業，並要求進行改正。
原能會說，但是台電公司於98年12月至99年底仍持續違法自行辦理核四工程設計變更，並進行施工作業，原能會已開立會核字第1010001075號裁處書，依違反核管法第14條第1項、第29條第1項及第37條，併處台電公司罰鍰1500萬元，並要求停止違法辦理核四工程設計變更及施工作業。
不過，原能會也說明，其實台電會兩度觸犯核管法，與核四工程案的變動有關，第一次對台電開罰後，其實業者台電公司與發包廠奇異公司都回到各自的角色與位置，但是復工後所擬的約與過去最初簽署不同，且核四工程未如最初所簽約內容執行在先，所以復工後奇異公司也有其不同主張，因此有履約糾紛，就會出現罷工之類情況出現。
原能會進一步說明，因此台電就自己動手做，但台電畢竟是業主，原本是審查奇異公司工程設計與施工角色，若兼做發包廠該做的工作，會涉及球員兼裁判問題，所以原能會再度開罰。這次罰得較重，主因是累犯，安全問題倒是沒那麼大，因為台電公司能做的，不會是關鍵技術。