首度舉行的總統與立委二合一選舉，昨天順利落幕，總統大選投票率百分之七十四點三八。馬英九挾現任優勢，主打兩岸安定牌，開票過程一路領先擊敗對手。民進黨的英嘉配得到六百零九萬三千五百七十八票，得票率百分之四十五點六三；親民黨的宋林配得票卅六萬九千五百多票，得票率僅約百分之二點七七％。
民進黨確定敗選後，蔡英文在副手蘇嘉全陪同下出面向支持者致歉。蔡英文強調，恭喜馬總統贏得選舉，面對敗選她會一肩扛起責任，即刻起宣布辭去民進黨主席職務
昨晚開票過程中，馬吳支持者聚集在競選總部門口，封街期待勝利到來。晚間八點十分，馬英九在大雨中站上舞台，宣布贏得選舉勝利，並率參選搭檔吳敦義、夫人周美青及蕭萬長、連戰、吳伯雄等競選團隊，向支持者鞠躬長達十秒鐘。
馬英九表示，此次能夠連任，主要是因為人民肯定政府拒絕貪腐、堅持清廉的努力；肯定政府開放鬆綁、振興經濟的努力；肯定政府擱置爭議、爭取兩岸和平，把危機轉變為商機的努力；肯定國民黨採取正確、正派、有效的活路外交，贏得國際社會的肯定與支持，讓台灣人民有尊嚴的遨遊世界。
馬英九說，這個勝利是台灣人民給他最清楚的訊息，要他繼續朝這條路線走下去，台灣人民也給他明確的使命，要他盡力完成創造台灣新歷史的任務。
除感謝選民支持，馬英九承諾，他能夠再有四年機會完成台灣所需要的改革，一定不會辜負大家的期待。
馬英九在現場特別感謝蕭萬長過去四年對他的支持，讚揚「微笑老蕭」最厲害之處，就是在關鍵時刻提出關鍵對策，讓政府過關。他同時感謝吳敦義接受付託，擔任行政院長，兩年多來在經濟復甦、災區重建與疫情控制上都很成功，並期許兩人在未來四年並肩作戰。
與二○○八年大選結果相較，馬吳配的得票數比馬蕭配減少七十多萬票，得票率也減少七個百分點。而當時馬蕭配以七百六十五萬九千逾票遙遙領先對手兩百多萬的優勢，這次則是贏了不到八十萬票。