兩岸簽署經濟合作架構協議（ECFA）後，將文心蘭、柳丁、石斑魚等列入早收清單，享有零關稅優惠。由於這些農漁產品的重鎮一直是深綠板塊，也讓外界好奇當地投票意向會否因ECFA而出現變動。
以盛產柳丁的雲林古坑為例，馬總統在當地得票僅38.4%，輸給民進黨總統候選人蔡英文的59%。
台南學甲的虱目魚與大陸達成契作，讓大陸以保證價格每斤45元、每戶收購3萬斤，收購總數量達1800公噸，每戶漁民估計獲利新台幣25萬至30萬元不等，不再受盤商剝削。不過，這次馬總統在台南學甲得票29.6%，蔡英文68.6%，與過去相較，幾無變化。
同樣因ECFA而出口大幅成長的石斑魚，在重要產區的高雄永安、屏東枋寮，馬總統的得票分別是41.8%、39.5%，甚至比08年在當地的得票還略為退步。
淡江大學中國大陸研究所教授張五岳表示，大陸來台採購，有助降低敵意，但對台灣當地民眾投票行為的改變未必有成效，未來大陸仍會加強。
張五岳認為，目前大陸來台採購的比重其實不多，ECFA關稅減讓幅度也不高，「ECFA其實只是1/10的自由貿易協定而已」，未來大陸採購契作一定要有長期性、持續性，還要有擴散性（指採購的產業、地區逐步擴散），如此一來，農民才會「有感受益」。