木村涉嫌利用職務之便，從事內線交易，在得知2009年2月自己負責重建計畫的半導體大廠爾必達（Elpida Memory Inc.）與台灣半導體廠商進行合作交涉、以及2009年5月爾必達向日本政府申請重建等內線消息後，事先購買爾必達股票，獲取不正當利益。
但木村的律師表示，「這並非不正當的交易」。
「產經新聞」報導，木村曾經參與2009年爾必達公司與台灣半導體廠商的合作交涉工作。
「日本放送協會」（NHK）報導，東京地檢特搜部已搜索過木村位於東京世田谷區的住家，根據調查，木村在2009年5月，負責重建計畫的半導體廠商爾必達公開增加資本前，購買該公司的股票。
此外，同年4月，他也在經營合併的情報公開前，購買另外一家半導體廠商，也就是當時的「NEC ELECTRONICS」的股票，同樣涉嫌內線交易。
特搜部表示，木村使用妻子名義的帳戶，買了以上2家公司共8000股的股票，漲價後賣掉，共獲取約230萬日圓（約新台幣89萬5460元）的利益。
根據有關人士的消息，木村曾利用公務手機在上班時間進行股票交易，特搜部正在調查他購買股票的詳細經過。
木村的律師聲稱，木村購買股票都是妻子在進行，而且購買股票的時候，經營合併等情報已經有媒體報導，並不是內線交易。