合作社表示，國稅局仍要追繳營利事業所得稅，也就是不認定他們是「農民團體」，所以他們仍要爭取免追繳營所稅。
屏東縣檸檬運銷合作社民國87年由政府輔導成立，為避免檸檬滯銷，合作社將過剩的檸檬製成瓶裝檸檬汁販售；99年被人向國稅局檢舉，合作社的檸檬汁賣給一般飲料店卻沒開發票。
國稅局追查後，追繳5年的營業稅、營利事業所得稅，加上罰金，檸檬運銷合作社需繳約2500萬元稅金。
農委會今天發布新聞稿表示，國內檸檬集中種植在屏東地區，農委會為調節當地檸檬產銷，輔導農民團體將檸檬簡易壓榨製成原汁，經過冷凍（藏）保鮮貯存，再分批銷售，有效達到穩定檸檬產地價格功能。
針對國稅局要對檸檬原汁課稅，農委會與財政部協商，農委會認為檸檬具有不宜直接食用需經壓榨取汁利用的實際特性，建議檸檬原汁銷售是類同農產原料供應型態，宜比照檸檬鮮果銷售免課營業稅。
農委會表示，財政部同意認定農民團體產製檸檬原汁免徵營業稅。