至於兩岸協商基礎，蔡、馬的主張極為分歧，蔡英文主張以台灣共識取代不存在的九二共識。
循民主程序檢視ＥＣＦＡ
蔡英文認為，中國市場是台灣全球布局中的一環；她主張台灣須在全球分工體系中掌握關鍵性地位，繼續保持技術領先，並以此為基礎，與中國建立互惠而非讓利、和平而非衝突、對等而非主從的經貿關係。
小蔡若當選總統，要如何面對兩岸已簽訂的ＥＣＦＡ？她主張遵循民主程序，並從國家整體利益的觀點，審慎檢視現有協議內容與執行情形，做為調整的方針。
兩岸關係不會倒退
蔡英文認為，兩岸的戰略對峙態勢癥結在於主權的分歧，民進黨認知北京堅持一中原則的立場，但北京也應瞭解台灣人民堅持主權獨立，反對任何一黨專制的政治意志，兩岸應和而不同地在現實的基礎上，和而求同地經由尋求戰略互利，發展有利於雙方各自和平的穩定機制。
部分工商界人士擔心，民進黨重新執政會衝擊兩岸關係，不過，蔡英文已宣示，「在我主政下，兩岸關係只會持續地前進，不會出現停滯或倒退」，她強調，當選後將邀各黨各派坐下來協商出台灣共識，以此做為基礎，建構可長可久的兩岸互動關係。