華航及長榮都表示，了解歐盟將航空運輸業納入碳交易對象，是基於節能減碳的考量，當所有飛歐洲的航班都被一致要求付碳交易費時，台灣的航空公司不可能置身事外。
不過，兩家航空公司認為，因國際上也有很多非歐盟的航空公司反對歐盟的航空業碳交易，現在航空公司對碳排放的計算及交易方式都還無法掌握，未來是否還有其他變化，有待觀察。
交通部民用航空局指出，納入歐盟碳交易的航空公司，歐盟每年會依照航空公司的飛航資料，核配一定的碳排放額度，其中85%免費分配給航空公司，15%需由航空公司付費購買，今年開始實施，歐盟將依據航空公司今年在歐洲的起降為計算基礎，最快明年才會收費。
民航局說，非歐盟籍的航空公司須以2010年飛航排放量最多航線國為註冊國；依照歐盟公告的資料，華航在荷蘭註冊，長榮在英國註冊。
根據民航局的委託研究，歐盟實施航空運輸碳交易後，以現在營運狀況推估，2012年華航需購買的碳排放金額是新台幣2.1億元，長榮為1.5億元，估計台灣飛歐洲機票單程可能漲100元以上；不過，實際數字還要精算，且航空公司也可能採取其他做法，例如調整飛航路線等方式，減少碳排放金額支出。
民航局說，依照歐盟的要求，除15%付費購買碳排額度外，航空公司在年底時要釋出碳排放權，抵銷已排放的碳量，若有還未使用的碳排額度，可透過碳交易平台賣給其他公司，若實際排放量超過額度，則需向其他公司購買碳排放額度，且每公噸罰100歐元。