針對「清廉」議題，3位副手人選火力全開，國民黨副總統候選人吳敦義除了暗指有人擔任地方首長時，會「炒地皮、拿紅包」之外，也不忘緊抓「宇昌案」，批評對手的清廉與道德問題。
吳敦義說：『(原音)難道一個腰纏百億貫的千金小姐，就可以隨便給人家栽贓、抹黑，蔡主席每次叫人家談宇昌案適可而止，你們用的貪腐集團為什麼不適可而止呢？你講得很對，沒有權力時，可講自己很清廉，等有權力時，拿紅包、炒地皮、搞砂石的所見多得是，我也沒有講誰，中部、南部都有這種傳說，你不必自己對號入座。』
親民黨副總統候選人林瑞雄同樣痛批宇昌案，並以產業角度，直指宇昌案是個天大笑話。林瑞雄說：『(原音)宇昌案裡面竟然講，用5千萬美金要去做新藥開發，實在笑話，因為平均來講，一個新藥開發要10年以上，而且花10億美金以上，有這麼多錢能夠燒嗎？很多生技博士講蔡英文是台灣生技產業的媽祖，簡直是天大的笑話，她一竅不通。』
對此，民進黨副總統候選人蘇嘉全則是回擊宇昌案公文日期遭到塗改的爭議，認為吳敦義忽略這種「偽造文書」的法律問題，如何能擔任國家的副總統？
此外，蘇嘉全則在3輪政見發表中，一再提到公布財產一事，蘇嘉全強調，大家都期待清廉，但不應只是嘴巴說說而已，他要求對手應一起公布個人、妻子以及成年子女的財產，讓所有候選人共同接受選民的檢驗；對此，林瑞雄表示，「我們家人都很窮」，自己只有新台幣200萬存款，而吳敦義指出，公布嫁出去女兒的夫家財產，不符合台灣人的本性，他沒有必要去做這種勉強的事情。