台灣人權促進會指出，外交部要求越南、印尼、泰國、菲律賓勞工申請來台長期簽證，需先到駐外館處按捺指紋，違反兩項國際人權公約；另外，大法官過去曾做出政府強制全民按捺指紋為違憲的解釋，外交部強制蒐集指紋的政策也不該具任意性。
外交部表示，東南亞外勞來台工作，有些在台從事不法活動或滯留時間超過法定的9年上限，遭到管制，返國後變造身分再度申請來台，外交部為維護國家整體利益、國境安全，參酌世界潮流及實務需求，近期完成建置指紋系統，預定第1季實施。
外交部說，主要國家如美、日、歐盟，都會錄存跨國旅客的指紋、臉部特徵資料，以強化安全查核，屬國際社會辨識跨國旅客的一般性做法。