衛生署最新決定不放棄各地的署立醫院，署南醫、新化分院由衛生署與成大醫院共同經營，署南醫院長由成大醫院指派，不必經衛生署醫管會同意。
成大醫院併署南醫、新化分院一事約十年前展開，葉金川擔任衛生署署長時即有此計畫，楊志良任署長時認為署南醫、新化分院、署立新營醫院、署立北門醫院應一起接，五都選舉後再議，現任署長邱文達另有考量，萬一再有ＳＡＲＳ等重大傳染疾病發生，衛生署不能沒有醫院調度，決定停止署立醫院合併計畫。
衛生署與成大醫院共同經營署南醫、新化分院，目前的共識為，署編經費支應醫院經營所需，署南醫院長一職由成大醫院繼續派員代理，人選由成大醫院決定。
目前署南醫院長蔡森田由成大醫院借調，最多可借調四年，蔡已第三年，借調日期將於今年十二月到期，是否再借調或改派他人，都由成大醫院決定。
成大醫院人員表示，與署南、新化分院的合作應會朝深度結盟發展。
成大醫院合併署南醫案喊停，不少署南醫人員認為，合併沒什麼必要，成大醫院派人來當院長三年，署南醫的表現還好而已，新進的醫師雖然多數在成大醫院服務過，但都是年輕的醫師，到署南後本身沒有帶來患者，反而瓜分資深醫師的患者。