花蓮縣教育處根據教育部發函，6月率先在校長甄選簡章中加入「凡有菸癮且自認無法戒除者，不得報名校長甄試」條款，引發侵犯工作權的爭議。
教育部長吳清基7日上午在立法院教育及文化委員會答詢時強調絕無此事。吳清基說：『(原音)(國民黨籍立委郭素春：你們有沒有硬性規定說有抽菸就不能當校長？)沒有這樣的規定，因為抽菸是個人行為的選擇，這只是一個宣導，漸進式的宣導，並沒有規定。因為工作權是憲法保障的，我們不能說違反憲法條例說抽菸就不能當校長，沒有這回事。我公開在國會殿堂正式澄清，抽菸者照樣可以當校長，只是不宜在校園裡面抽菸給學生看，我一定要澄清！』
吳清基表示，根據世界衛生組織統計，平均每6秒就有1人死於菸害；在台灣，肺癌也是國人癌症死因第一位；加上台灣已經通過菸害防治法，菸害防治促進會希望教育部能在校園內積極推動菸害防治工作，教育部才會在今年5月發函各地方教育局處。他強調這只是提出建議，絕對沒有硬性規定，平面媒體指「癮君子不得當校長」，說法太過誇張。