在陳水扁任內，總統府加國安會掌握了上至行政院長下至國營事業及財團法人的大中小人事任免權。總統和他親信的權力之大，直接涉入各單位人事之細之深，恐怕是不亞於蔣經國時代。國安會要做什麼，各部會很少不努力配合。巴紐建交詐騙醜聞發生祇能說是諸多個案中的顯例，其他荒誕不經的所在多有。