自去年10月19日林碧炤請辭總統秘書長後，其職位懸缺長達5個月之久，對於誰來接任外界眾說紛紜，其中呼聲最高的就是台南市長賴清德，巧合的是，高雄市長陳菊曾在電台親口爆料，指稱賴清德很有可能任府秘書長，但據週刊媒體報導指出，陳菊這一爆料實際上是在為賴清德解套。 外界一度盛傳，賴清德極有可能循「朱立倫」模式接下中央政府的職位。根據《時報周刊》指出，了解賴清德為人的友人出面澄清，擁有醫生背景的賴清德是絕不會對病人不管，這一特質充分反應在他的政治之路上，既然當初選擇連任，賴就不會隨意背棄市民的託付。 但讓賴清德尷尬的是，府秘書長的口袋名單上一直都有他的名字，又有消息指出，總統蔡英文有意在近期內選出適合人選接任秘書長。為了幫助賴清德，同屬新系的陳菊故意先向媒體放風聲，好讓呼聲最高的賴清德能提前「見光死」，進而從名單中移除，保住賴清德的政治規劃。 某綠營大老也認為，賴清德的政治形象已經有動搖跡象，受台南大地震的重建工作、禽流感疫情擴大事務纏身，若此刻賴清德還選擇入府接下秘書長，形象必定受到傷害，也不利於他下一步的政治之路。