中央氣象局科長謝明昌指出，昨天下午四點到六點期間，有一條明顯的颱風環流卡在台灣海峽，當時測得最大陣風九級，一直到晚上八點也仍有八級最大陣風，時雨量也有三十毫米，能見度甚至不到兩公里。從衛星雲圖及雷達回波資訊顯示，颱風環流一帶有可能帶來側風，也可能會有劇烈的上衝及下衝氣流，加上風切強，都有可能造成飛機起降風險。
澎湖氣象站表示，當時下著大雷雨，雲層相當厚，能見度僅約兩公里；最大陣風每秒十七．五公尺，達八級風，並不適合飛航。根據澎湖機場紀錄，當時最大陣風二十一海里，機場籠罩在雷雨胞之內，能見度一千六百公尺，該機使用馬公機場的二○號跑道ＶＯＲ儀器進場，該跑道要求的能見度最低標準就是一千六百公尺。
一位國際航空公司總機師指出，起飛與降落的天氣標準是看儀器，天氣判斷是看機師的臨場反應，兩者合一才能確保飛機平安起降。另一位常飛航離島的機師表示，昨天天氣不穩定，低空可能有雷雨胞，飛機降落時如果碰到雷雨胞，容易轉變為微暴流，易使飛機急速下墜，由於飛機距離地面太近，飛行員往往來不及拉起飛機高度，很快就會撞及地面墜毀。
有飛行員指出，國內機場助導航措施本來就不好，外島更差，政府在颱風來襲都會停班課，民航局卻只提供氣象資料，要航空公司自己做決定，太不負責任了。