彰檢起訴魏應充，十月卅日在接押庭中檢察官施教文丟出「在味全總部雲端搜到政府的機密公文」震撼彈，被外界認為相當程度左右法官續押魏應充等被告。
彰檢主任檢察官林漢強表示，十月九日晚上接到彰化衛生局傳真的衛福部公文後，十月十日即前往彰化縣永靖鄉頂新製油總部作行政稽查，當天頂新提供給稽查人員的報告「相當完美」，但卻有諸多關鍵文件不見，十一日又南下頂新屏東廠搜索和採樣，檢方採集油槽樣品送食藥署檢驗，發現是酸敗不堪的飼料油，但廠內不少關鍵文件也已流失。
頂新製油因為提早知道衛生局及檢方會前來行政稽查，所以事先滅證，如此一來，彰檢當然無法獲得最關鍵的證物。對此，彰檢表示，飼料油案已偵結起訴，洩密案事涉管轄權的問題，該案已由屏檢負責偵辦，彰檢不方便表示意見。
現在已確定彰檢搜索頂新製油總部前，頂新在國慶連假期間緊急召回卅三名員工，可能做滅證動作；檢方甚至不排除屏東廠油槽的飼料油也已遭掉包，如果懷疑屬實，一審極可能再增加其刑。
至於屏縣指是誤傳公文，且未列密等，是否改變魏應充續押命運？彰化地院庭長兼發言人李進清表示，味全總公司搜到衛生局行政稽查公文僅為續押原因之一，合議庭法官審酌諸多證物及檢、辯雙方供詞，認為被告有逃亡和滅證之虞才裁定續押。