「兩岸人民關係條例」規定，「中國船舶非經主管機關許可，不得進入台灣的限制或禁止水域。」而「禁止水域」是指十二浬內的「領海」，「限制水域」為二十四浬的「鄰接區」，讓台灣對中國船舶有緩衝與反應時間。
交部預告修管理辦法 放寬限制
二○○八年十二月開放兩岸海運直航，交通部在限制與禁止水域設置七個通過點、二十條指定航道，讓兩岸船舶運送業者可行駛進入我國的十三個港口，但中國船舶仍不得「過港不入」，而直接航向其他國家或海域。
不過，交通部最近預告修正「台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」，只要在二十四小時前填具進出航道預報表，中國船舶可航經台灣限制或禁止水域。
條文未定義船舶 形同全面開放
國際海洋法專家、台大教授姜皇池認為，修正條文未定義「船舶」，形同開放所有中國船舶，未來中國的軍艦與公務船可掛五星旗，在我海域暢行無阻。在中國侵略併吞台灣的敵意未減下，增加國安風險。
前台聯立委、成大教授許忠信也說，為解決軍費問題，中國讓各軍隊自籌財源，因此中國軍艦也可從事海上運送，中國軍艦與商船無法清楚區分，如中國軍艦假裝一般船舶進入我海域，探測水文資料、軍事設施，嚴重威脅國安。且近來中國與日本、越南、菲律賓等國家屢生衝突，如中國進入我海域後，再航行進入其他國家海域而發生衝突，意味台灣從中協助，恐使台灣捲入風暴。
交通部解釋，目前外國籍船隻都可以「無害通過」我海域，限制中國的船舶並不合理，而該辦法只適用交通部管理的船舶，軍艦是國防部管的。
學者憂中國軍艦 可暢行我海域
但姜皇池質疑，過去數十年來，中國不能航經台灣海域也未曾因為我違反「國際法」而抗議，馬政府為何要修法放寬？修法為何不做船舶的定義？啟人疑竇。開放對我並無任何好處，不像現行海運直航停靠我港口，還有通商、貿易的經濟利益可言。
姜皇池表示，現行對直航船舶，不僅事前許可，事後也要例行審核，可仔細調查有無國安疑慮，但修正條文開放後，僅需於二十四小時內審核，船舶種類與數量龐雜，不但有國安疑慮，也將增加行政人力負擔與監控、防務的壓力。