審計部查核也發現，核四擅自變更設計，九十七年被原能會罰鍰後，仍我行我素，去年初被二度重罰後，至今仍未完成缺失改善，難以去除安全疑慮！
八件重大或中度違規 核四居半
馬政府一邊強調確保核安才讓核四運轉，一邊力推核四公投，要利用提案技巧確保核四續建，但說好的核安至今毫無保障。
審計部一○一年度中央政府總決算審核報告指出，福島核災後，原能會承諾列管核廠安全設備缺失及核四工程品質缺失，直至缺失解決澄清才會結案；經審計部追蹤，總計原能會自七十八年至一○一年，對各核電廠違規提出五三八件糾正，至今仍有二十一件還在處理，核四就有十四件，占三分之二。
審計部︰影響核安 儘速改正
這二十一件處理中的違規事項，有十一件是被糾正後，花了超過一年仍未能改善者，除一件是核一廠的問題，其餘十件則由核四包辦；其中一件甚至是原能會九十七年就糾正的案子，拖到現在都五年了，還沒解決。這二十一件中，屬於重大或中度違規者就有八件，占未結案件三十八．一％，審核報告認為「對核能安全不無影響」。
審核報告指出，原能會九十七年四月及十一月，就對核四擅自變更設計，合計罰鍰四百萬元，要求停止違法變更設計、評估相關案件安全性，要求建立制度、停止違法變更施工並進行改善；但核四仍在九十八、九十九年持續擅自變更設計並施工，原能會一百年再要求改善，並在一○一年重罰一千五百萬元，但至今年五月底審核報告結報為止，核四仍未完成相關缺失改善。
原能會回函審計部表示，前述拖五年未改善的是，部分電纜托網因耐震分析須再補強；過去核四擅自變更設計部分，須補送原廠奇異公司等權責機構重新審核，須改正補強的設計及已施工項目，除須在試運轉前完成，且須在初次裝填燃料前，經奇異公司等各設計權責機構「現場」確認、驗證，確保施工與設計的一致性與完整性，才能去除外界對核四整體設計安全的疑慮。