馬英九和連戰，有師生之情、長官與下屬之誼，更有政壇前輩與後進之倫。只是，馬連關係一路走來，相敬如「冰」，兩人各種恩怨情仇，只能用「剪不斷、理還亂」來形容。
馬連的根本矛盾在於，國民黨在野時期，前浪不滿後浪急著往前推；國民黨重新執政之後，後浪不滿前浪不肯退，尤其是兩岸事務。
連戰在○四年總統大選以些微差距敗選，不滿三一九槍擊案真相不明，藍營民眾占據凱道抗爭，「非法的集會遊行」讓時任台北市長的馬英九左右為難，最後下令驅離。政壇盛傳，此舉令連戰陣營相當不諒解。
○五年國民黨主席選舉，藍營人士回憶，當時黨內不少人希望連戰繼續領導國民黨，但馬英九搶先宣布參選黨主席，使得連戰說不出連任的話。連系人士談到這段過往，至今仍憤憤不平。
為了重返執政，連戰等黨內大老放開私人恩怨，在○八年把馬英九推上總統寶座。馬當家做主後，卻對連戰在兩岸事務擁有的巨大影響力，感到芒刺在背。
連戰○五年與胡錦濤進行歷史性會面，發布「五項共同願景」後，儼然成為藍營的「兩岸教父」，不願意被連戰在背後「下指導棋」的馬，○八年開始，由連戰搭建的「國共論壇」，馬英九指派另一位黨內大老吳伯雄取代。
二○一○年，馬英九領導的國民黨面臨五都選舉重大挑戰，選前之夜發生連勝文遭槍擊案，連戰探視兒子傷勢後，懷著悲憤站上助選台，在選前發揮強烈的催票效果。馬英九領導的黨中央卻在選後閉口不談連戰與槍擊案，讓連戰陣營相當不以為然。
去年，連戰之子連勝文一席「丐幫說」，諷刺執政者的施政成績不佳，立即遭到馬核心幕僚大動作抨擊，馬連關係再度惡化。
這次，連戰去中國見了習近平、胡錦濤，以「領導人」的格局，對兩岸事務大談特談，隨即遭到馬陣營的「強力否認」，雙方公開交鋒，毫不留情面。黨內憂心，雙方殺成這樣，恐將埋下藍營支持者最不想看到的分裂種子。