黃煌雄指出，呂秀蓮認為檢方起訴應採「無罪推定原則」，因為檢方代表國家追訴犯罪，應根據被告犯罪事實，善盡舉證責任，但根據法務部一百年統計年報顯示，檢方起訴的貪瀆案件最後定罪者僅六十．八％，以其他罪名起訴者的定罪率僅五十六．二％，呂秀蓮質疑檢方起訴未採「無罪推定原則」，他將要求法務部說明此問題。
監院指出，特偵組偵辦政府官員詐領特別費案，許多官員都被判無罪，監委也將了解其中是否涉及疏失，同時針對呂秀蓮的特別費案歷經多年審判無罪定讞，檢方當時調查起訴是否有違失？是否有濫權起訴問題？將一併深入調查，並追究相關機關是否有違失。
黃煌雄說，他們現在只是開始調查，呂秀蓮是首位卸任副總統到監院陳情者，他將根據呂秀蓮的陳述理由逐一釐清，目前無法很具體說明，相關調查也需要相關單位回覆資料後再展開，他將要求法務部等機關說明問題，再決定將約談哪些人員。