憲法增修條文第五條第六項規定，「司法院所提出之年度司法概算，行政院不得刪減，但得加註意見，編入中央政府總預算案，送立法院審議。」
增幅超過總預算 「加註意見」表不滿
司法院近年概算年年成長，增幅都超過中央政府總預算。行政院在一○二年司法院概算書後加註意見表示，一○二年總預算歲出增加五十八億元，增幅○．三％，其中司法院就增加近九億元，增幅四．二％，希望司法院兼顧經濟成長及財政穩健，妥為編列概算。行政院在今年度的加註意見中，就對司法院概算增幅高達十．三％，表示頭痛不已。
員額及人事費部分，司法院也是年年成長，卻又鉅額賸餘。行政院加註意見指出，司法院明年度員額增加八十五人，人事費增二億三千多萬元，雖未超過上限，但司法院從九十六年起，每年決算人事費都有數億元甚至超過十億元的鉅額賸餘。對照行政院前二年的加註意見，司法院在去年度增加二一五人，今年度也增加九十四人，人力年年擴增，顯然與精簡人事政策並不相符。
購車部分連年超過預算籌編原則。行政院以性質較相近的法務部檢察機關做對比，司法院明年度預計購買汽機車四十七輛、近四千萬元，約是法務部的七．一倍，行政院加註意見希望能依明年度的預算籌編原則辦理。對照今年度汰換七十輛、四千一百萬元，約是法務部的五．七倍；去年度汰換五十一輛、近四千五百萬元，約是法務部的六．一倍，也都超過預算籌編原則的標準。
司法院辦公廳舍（含職務宿舍）遷建、興建經費，近三年每年都增加六億至十一億元不等。行政院加註意見表示，司法院相關房舍後續還需編列近九十四億元，但近年審計部決算報告及立法院預算中心評估報告，都點出司法院這些計畫的執行率「常年偏低」，去年度就有興建高雄鳳山地院辦公廳舍等六項重大計畫執行率低於三十％，部分款項保留多年；耗費鉅資興建的各類職務宿舍，有的長期閒置，有的未依計畫內容使用。
對於政院連三年點名抱怨，司法院秘書長林錦芳指出，目前整修或興建中的幾個法院，今年和明年是付款高峰期，等工程款付完後，司院預算就可歲入大於歲出。在員額增加問題，林錦芳表示，由於法官法和家事事件等法律修改，造成法院業務擴張，導致法院須增加法官，配套的司法人員也隨著一併增加，但司法院全部人事員額，都在法定員額的一萬三千九百人以內；至於汰換車輛花費太多的問題，已要求各法院撙節開支。
至於辦公廳舍遷建及閒置等問題，林錦芳認為，目前閒置宿舍多在南部，因南部房價較便宜，司法人員容易置產，宿舍需求較低，但北部的宿舍就不夠住，須做處理。