由於吳妍華已超過六十五歲年齡限制，照理說應該辦理退休或轉為教授職，為何校務會議還同意讓她續任校長，被師生質疑是為她量身訂作。
交大主任秘書裘性天解釋，這項人事令已由教育部核准頒佈，也通過學校校務會議，主要是因為張懋中有教學研究未完成才會如此，為推動交大的校務，才會請吳妍華代理到七月底，一切符合程序，未聽到教師或學生有異議，校方這幾天會公告讓學生及教師周知。
教授質疑 還未就職 就給壞印象
裘性天也強調，張懋中的任期雖從八月一日開始，人不在國內，但對交大事務熟悉掌握，也積極為交大爭取國際知名大學的合作。
但一位交大教授質疑，這根本是破壞體制，張懋中參與校長遴選時就知道二月一日要就職，且教學研究工作有比擔任校長重要嗎？如果教學重要，為何要參與校長遴選？張懋中還未就職就讓交大師生印象不好，實非交大之福。再者交大校長的就職，為何只要教育部同意就行，難道不需經交大師生或校長遴選委員會同意嗎？
另有教授認為，張懋中既無法依規定就職，學校理應辦理代理校長相關程序，怎能開校務會議就決定讓吳妍華延任，同樣破壞體制，且拉著校務會議背書，所有一級主管包括教務長、學務長和總務長也都因此延任，這在其他大學從未見過，破壞交大校風。