為何重飛？偏離航道？有無看到跑道？
一位曾多次配合空難調查的資深機長指出：「依據過去空難調查的經驗，飛安會早已清楚空難原因，但公開的報告相當片面，不夠完整，是很奇怪的現象。」
飛航組員在七點五分四十四秒解除自動駕駛時，飛機的航向還是正對跑道，但過了馬公多向導航台，飛機一路向左移偏離，直到七點六分十秒，飛機高度降到一百呎，航向是一百八十八度幅向，這廿六秒間為什麼飛機會嚴重偏航？是否強烈側風導致？是飛安會後續調查重點。
至於復興GE222班機墜毀前，究竟是由正機師或副機師執行降落？飛安會執行長王興中回應，還未進行聽聲辨人調查，未確認。
要求重飛後8秒失事 機身拉抬不及？
復興GE222的駕駛員曾討論要重飛，之後也向塔台要求重飛，但未說明要求重飛理由。從駕駛員討論要重飛後約八秒，飛機即失事，過程中沒有其他通話。
王興中指出，要執行重飛的基本動作包括加油、收襟翼和收起飛機主輪，該機殘骸顯示駕駛員曾加油，但襟翼遭到撞擊、不知是否完全收起，主輪則確認未收起，意即航機未完成重飛的標準動作即已墜毀。
復興GE222解除自動駕駛後，高度也出現不正常變化。
飛安會指出，七點六分十秒，兩位駕駛員對話決定重飛，當時飛機高度七○到八○呎，七點六分十三．三秒航機出現不明聲音，高度下降到四○呎，七點六分十四秒，高度還出現負四十八呎，後來駕駛員再向塔台呼叫重飛，高度又回到五○呎。
王興中指出，依飛行軌跡研判，當飛機在七點六分十三．三秒撞進樹林時，風場及壓力環境都發生改變，可能因此造成飛機黑盒子的高度記錄失準。
資深飛行員看到初步資料後研判，飛航組員是否為了看到跑道才降低高度？是否因此機身拉抬不及，擦撞樹林與民宅？而根據黑盒子記錄顯示，該航機進場期間的空速最低為一百浬，最高有一百三十浬，顯見飛機確實受颱風氣流影響，可能因此偏離航道。
王興中說，想了解「飛航組員解除自動駕駛、準備降落時究竟有沒有看到跑道？」是難度很高的關鍵問題，也是後續調查要點。