民航局指出，在塔台和軍方協調時，由於天候已改善，駕駛員又請求從20跑道進場，塔台未拒絕要求，而馬公機場從當天下午二點到晚間七點，共十七架次班機都是從20跑道起降。
民航局航管組副組長易心莊指出，航機都必須逆風起降，馬公機場是軍民合用機場，除非有特殊原因，經軍方同意才可反向降落。
飛航服務總台指出，澎湖常吹北風，馬公機場由南向北走的02跑道使用率達到八成以上，二十三日當天受到颱風影響，澎湖改吹西南風，當天機場開放航機由北向南的20跑道起降。
空軍稱管制權責是馬公塔台
民航局指出，復興失事當晚六點三十分，機場吹西南風，飛機依規定逆風進場，應該走20跑道，而且當時20跑道能見度達一六○○公尺，達到可降落標準。晚間六點四十分管制員提供最新氣象資訊給機長，復航改請求從20跑道進場。民航局強調，塔台未拒絕復興航空請求，由於民航局也是被調查單位，會配合飛安會調查。
空軍司令部昨日也嚴正抗議媒體報導軍方在空難前拒讓出跑道，空軍司令部表示，颱風當天馬公基地戰機停飛，未擔任戰備值勤及飛訓，管制權責均由馬公航空站塔台負責，軍方絕無介入航管及不讓跑道。
飛安會執行長王興中指出，明天將公布飛航資料紀錄器（黑盒子）的解讀內容，包括飛航軌跡重建與飛機飛行的路徑，而座艙語音紀錄器仍在進行抄件工作，會先公布部分內容。