新政府上台推動轉型正義，在228事件將屆滿70周年的前夕，文化部長鄭麗君召開「中正紀念堂轉型正義規畫」記者會 表示，在新任中正紀念堂管理處處長林進盛上任後，已陸續下架包括蔣中正公仔、文具等商品，停用個人剪影logo，不再發放涉及威權崇拜的文宣品，24日起停止於開閉館時播放〈蔣公紀念歌〉。
另外對於「中正演藝廳」、「中正藝廊」、「介石廳」、「瑞元廳」、「美齡藝廊」、「采玉藝廊」等展演場館，也改成1展廳、2展廳、一樓藝廊、演藝廳等中性名稱，並以藝文使用為優先。並且文化部將展開跨部會協調，將文物展視室的文物歸還國史館等其他單位。
柯文哲25日出席「水林2017番薯專區推廣二部曲」推廣活動受訪時表示，對於文化部相關作法，「我是沒什麼意見」，對中正紀念堂唯一的意見，就是圍牆可以拿掉，其他的現在沒有特別意見。他也說，歷史就是歷史，有時候留著，「就是提醒我們有過那段歷史」，但對自己來講，比較沒有這麼強的想法。