行政院表示，由於該院建築屬於國定古蹟，闖入院區對古蹟進行噴漆等破壞行為，已涉及毀損古蹟及侮辱公署，皆屬公訴罪，因此警方在訊問完畢後將移送地檢署。至於屬於告訴乃論的侵入建築物及毀損罪，行政院決定不予追究。
行政院指出，事件發生後，行政院陳美伶秘書長立即針對相關事件及處置情形進行了解，並責成相關單位未來強化安全維護機制。相關單位皆依照標準作業程序通報並進行緊急處理，首長也在第一時間知悉相關情況。
行政院進一步指出，由於闖入人士之一，為國民黨青年軍現為洪秀柱主席任命的黨務主管，竟假借勞工權益為訴求，混淆視聽。行政院強調，處理不當黨產是轉型正義的重要工作，也是全國民眾的期盼。對於國民黨黨工的權益，行政院不當黨產處理委員會也有特別關注並妥善處理。
行政院也促請國民黨不要將黨務與勞工權益夾雜不清、混為一談，也同時呼籲國民黨應負起責任，善盡照顧為國民黨服務黨員的勞工權益。