李進勇亦對此案行政調查進度作簡要說明：
一、外界質疑，合約當初訂定委外垃圾處理費與土地成本過高，行政調查報告指出，考量環保處理、設備建設、營運與人事成本，此部份並無不合規定。
二、針對焚化爐興建統包工程費過高，達榮墊高土地成本爭議，相關案件因已進入司法程序，靜待司法判決。
三、辦理環評時未告知環評委員，林內焚化爐場址與淨水場預定地僅1公里，達榮公司未在環境影響說明書揭露，環保局也未要求補正，須負隱匿未查明之責。
四、達榮行使終止契約，仲裁成立，調查報告也指出，縣府在處理相關證照許可，有行政上違失。
縣長李進勇於行政調查後，指示縣府採取後續作為，即林內焚化爐最大的爭議點在於場址與淨水場預定地近在咫尺，兩個設施是否能夠相容並存的問題，這個問題最終要透過環評的程序予以釐清，雲林縣政府和達榮公司對於這點都了然於胸，但是達榮公司未在環境影響說明書內揭露此一事實，雲林縣政府也視若無睹，未要求補正，甚至違反常態地在二個月內迅速「有條件通過」環評，未進入第二階段環評程序，如果說縣府人員和達榮公司沒有共謀規避，孰能置信？
李進勇也說，縣府相關人員所為，若涉有觸犯貪污治罪條例第6條之圖利罪嫌，本罪之法定最高本刑為15年有期徒刑，依行為時刑法第80條第1項第1款規定，追訴權時效為20年，縣府將在還原事實之後，把縣府參與環評會議相關人員移送雲林地檢署偵辦。
李進勇指出，雲林縣政府在95年8月9日終止與達榮公司間的契約，主要理由是達榮公司行賄縣府官員，另外環評結論也被撤銷。仲裁判斷認為（一）、公務員收受賄賂案件尚未判決確定，依「無罪推定原則」不能做為終止契約的理由。（二）、縣政府在環評通過後已經五年，才以環評程序瑕疵終止契約，有違「信賴保護原則」，認定縣政府終止契約非有根據。
李進勇說，這種仲裁理由實在難以令人信服，無罪推定是刑事訴訟上的原則，非適用於所有領域的鐵律，當事人是否涉及犯罪，如關係到民事責任之判斷，民事法庭（包括本案仲庭）仍應本於職權而為調查，不能僅以無罪推定，為認定事實之根據。且環評的瑕疵是達榮公司與縣府官員共謀勾串，達榮公司是惡意的當事人，豈適用信賴保護原則？仲裁委員見不及此，將不履約的責任完全歸於縣政府；達榮公司以不正確的資料，仲裁反受同情，事實上縣府終止契約是合法的、是成立的，縣府不應該賠償達榮公司。
李進勇最後表示，縣政府進行行政調查，是希望追溯焚化爐爭議的源頭，還原事實真相，促使司法機關追究相關人員責任，以平息眾怒，還給縣民一個公道，也希望藉由這樣的努力，讓大家回歸理性的思考，讓垃圾處理單純是一個民生問題，用專業的角度來思考如何解決垃圾危機。