故宮南院的好壞，攸關嘉義地方繁榮發展，扮演重要角色，針對日前媒體報導「恢復南故宮格局」，國立故宮博物院院方17日再次重申表示，「南院就是本院，故宮南院與本院位居一南一北，都是由故宮院長直接領導，督導，從未更改、從未矮化，故宮南院104年12月28日開館試營運，敬請拭目以待，絕未矮化」。
故宮指出，就行政組織而言，「國立故宮博物院南部院區籌建計畫」於93年12月15日奉行政院核定，且97年3月7日行政院更核定國立故宮博物院處務規程，該規程第五條，即設有南院處，至今未曾改變。依中央行政機關組織基準法第25條，「處」用於一級機關、相當二級機關之獨立機關之業務單位，若依嘉義縣政府主張成為「故宮分院」，則故宮南院將成為國立故宮博物院附屬機關，反淪為三級機關，才是真正降格。
目前故宮南院硬體建設正如火如荼進行，故宮強調，故宮南院始終為本院的一部分，今年正值故宮90週年院慶，預計故宮南院將在104年12月28日如期如質開館試營運，屆時將創造「南北雙星文化觀光雙亮點」效應，敬請拭目以待。
針對外界誤解事項，故宮再次澄清如下，
一、南院定位從未更改
1. 92年1月7日，行政院選定嘉義縣太保市為故宮南院基地，即定位為「亞洲藝術文化博物館」，從未改變。
2. 96年8月行政院核定故宮南院籌建計畫第1次修正。
3. 99年10月22日行政院核定故宮南院籌建計畫第2次修正均未修改「亞洲藝術文化博物館」定位。
二、南院組織從未矮化
國立故宮博物院現行組織架構，設北部院區與南部院區，位階平行，相輔相成，相互輝映，實現南北文化雙星亮點，達成藝術均富的理念，南院處是屬國立故宮博物院七大處之一。
三、籌建經費非但未縮水，政府反增列8.34億元
1. 籌建之初核定總經費60億元。
2. 增加補助嘉義縣政府11億元經費，辦理周邊道路開拓及台電電纜線之設置等。
3. 增加軟體建置費用8.34億元。