教育部12年國教免試入學方案傳出將採計在校成績，而降低國中會考的採計比率。教育部長吳思華27日在立法院表示，教育部目前研擬「12年國教5年精進計畫」，對於國中在校成績是否納入未來的免試入學方案，還要徵詢專家、學者與國中教師的意見。吳思華：『(原音)因為大家都是希望真的能夠達到免試入學，如果要達到免試入學的話，可能參採在校成績就可能成為一種做法，不過，我想這純粹都是在討論中，還得有一段相當長的交換意見時間。』
國教行動聯盟理事長王立昇指出，高中職免試入學若採計國中在校成績，可能引發公平性的爭議，因為各校的計分方式不同，即使採用校排名，各校學生的程度也不盡相同。他認為，如果真要參採在校成績，也不可統一採計比率，尤其對於建中、北一女等「熱門度」較高的學校，在校成績的參採比率要比較低，才能減少相關爭議。
不過，吳思華強調，由於入學分發相關制度都制訂於高級中等教育法，若要調整入學分發標準，都必須修法才能落實，因此，即使會採計國中在校成績，最快也要到108學年度才會實施。