行政院表示，李明哲自3月19日失聯迄今已12天，政府必須嚴正表示，這段期間以來，我政府及民間不斷對中國大陸提出要求，但中國大陸方面迄今尚未對我方或家屬進行通報，也未對李明哲失聯事件提出具體說明，政府表達高度遺憾。
行政院指出，已責成陸委會繼續透過各種管道要求陸方即刻就李明哲關押地點、所涉法令及限制人身自由時間等事項，對外完整說明，並依照海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議的通報機制進行通報，同時儘速安排家屬探視及律師會見，以保障其應有權益，並避免影響當前敏感的兩岸關係。行政院發言人徐國勇說：『(原音)所以我們希望中國大陸方面應該具體回應我們政府以及家屬的訴求，來維護李明哲先生正當的權益，同時，應該就相關事宜儘速與我政府進行溝通，來妥善處理，避免影響當前複雜敏感的兩岸關係。』
行政院也強調，自獲知李明哲失聯後，便積極透過各種管道聯繫協尋，都有掌握相關訊息，各項協處、作為都以李明哲的人身安危及權益為最優先考量，並非如外界所言不夠積極或過於低調。行政院並呼籲台灣社會高度關注案件發展，以及此案是否受到公正處理。