法務部指出，調查局先前曾辦理保防法制化論壇，也委請學者、專家赴各機關、民營事業單位及軍高檢共辦理23場次座談並研提草案，再由法務部邀集各相關部會丶機關等參與討論，研提「保防工作法」草案報院審查。其中，依現制將保防工作區分為軍中丶機關與社會保防三大塊，由相關機關各依其特性負責，並無由調查局全盤介入的情形。
法務部表示，草案中有關行政機關負責保防工作人員，究竟要採一條鞭式指派，或由各機關指定單位或專責人員負責，本就有待討論。另外，有關進行調查部分，就如同一般行政法律所規定行政調查權，並非本草案首創，也不是在行使刑事調查權，相關行政調查行使方式容有討論空間，尚非定論。況且，依現行我國「國家機密保護法」、「刑法」、「國家情報工作法」、「國家安全法」等相關法規，並未規範有關保防工作的職權行使，故保防專法草案即是在國家安全法制領域不足下，制定一般性法制規範，使法律具備明確性，並保障人權。
法務部強調，保防工作是為防制外諜所須，與威權時代「人二」所做的政治偵防完全不同，為因應外國及境外敵對勢力的諜報滲透攻势，確有檢討各層面保防工作的必要。尤其在防制滲透、保防教育等工作，如何有效防止「內應」在軍中丶機關或重要社會團體企業內部為敵人發展組織，進行滲透破壞，有明確予以法制化、明定執掌與分際的必要。日前行政院已將草案交回法務部，參酌各界意見、檢討研擬中，將廣納各界意見，再仔細明確規範相應的監督保防人員機制，同時兼顧保障人權。