馬英九總統6日下午在總統府召開八仙塵爆事件國安高層會議，裁示「救人第一、不計代價」，「一人一案、長期陪伴」，「統合統整、群策群力」，「追究責任、檢討原因」等4項處理原則。
總統強調，政府會提供「全人、全程、全力」的「三全」最完善照顧。所謂「全人」是指身體醫療與心理輔導雙重管道的全人照顧，「全程」是包括醫療、復健、心理輔導、與未來就學與就業的全程照顧，「全力」則是政府會不計代價救人，結合中央地方民間，並成立基金會以長期陪伴，總統說：『(原音)對傷者一定是全人、全程、全力來醫療，並且支持他們，希望能更度過難關，回歸正常的生活。』
關於境外醫護人員來台協助治療傷患的問題，總統指出，歡迎境外醫護人員來台協助，政府絕對不會不近人情，法律有分常態與例外，尤其現在是非常時期，面對的是特殊狀況，因此總統責成衛福部與醫界立即研議不違反法令範圍、實務上可行的具體作法。
行政院各部會包括衛福部、內政部、教育部等部會首長，以及新北市長朱立倫都參與這場會議，針對應變處置流程、醫療資源調度情形、傷患權益保障及關懷照護等議題進行討論。
朱立倫在會中表示，新北市府將以公開、透明方式整體運用各界捐款，並要求行政院持續加強所有醫護資源的統籌調度，以便將人力、物力做到最好、最快速的分配。