復興航空失事，除了天候不佳之外，外界也質疑馬公機場的終端雷達在事發當天曾經遭到雷擊，再加上機場跑道其中一端沒有儀器降落系統(Instrument Landing System, ILS)，種種因素讓飛機無法成功降落。
對此，民航局副局長李萬里表示，雷達在事故之前就已經修復，跟空難事故無關。李萬里說：『(原音)當時下午雷達是有被雷擊過，但是在下午5時22分就已經修復了，各位知道，失事的時間是晚上7時許，大約是7時06分，(雷擊)跟這個事件完全無關。』
李萬里表示，馬公機場往北的02跑道設有儀器降落系統(ILS)，另一端往南的跑道因為腹地不夠大，加上使用效率不高，使用的是非精確進場(VOR)，兩者的降落標準不同。民航局強調，ILS並不是飛機降落的主要設備，而是與效率有關。
空難發生後，外界對於事故責任的歸屬眾說紛紜，在事件中喪生的正駕駛李義良家屬對於民航局發言感到不滿，認為民航局將責任推給李義良。對此，李萬里也做出澄清。他說：『(原音)誰有沒有責任、誰做得對不對，我認為是通通交給飛安委員會獨立單位去做調查，我相信，他會給各位做一個報告。我們從沒有指責駕駛員，我再重複一遍，我們所有的發言都是只講我們訂立的標準。』
李萬里說，社會發生如此不幸的事件，民航局責無旁貸，接下來將會把所有的相關標準重新檢視，瞭解復興航空在法規執行上是不是有問題，希望能讓民眾安心。