部分民眾因身分證上的性別與自我認同的性別不同，實際打扮也與身分證上的性別有所差異，過去在行使投票權時，往往容易被刁難或遭到歧視，甚至被要求驗身，影響到這些多元性別者出來投票的意願。
在「台灣性別不明關懷協會」爭取下，中選會已在10月初承諾，從這次「9合1」選舉開始，選務人員對投票人進行身分查驗時，應尊重其個人性別認同，不得對投票人驗身，或以歧視性語言侮辱投票人。不過，如果投票人的容貌與身分證所貼相片難以辨識者，得請投票人提供駕照或健保卡等第二證件輔助查驗。因此，台灣性別不明關懷協會理事長吳伊婷27日呼籲多元性別者勇敢出來投票，行使神聖的公民權利。吳伊婷說：『(原音)因為你是公民，你有行使投票的權利，而且你不要忘記，你是這個國家的主人。所以拜託請大家無論你是誰、無論你的性別、無論你的性傾向、無論你的性別認同、性別氣質是甚麼，請你在11月29日一定要出來投票，因為任何人的一票都是神聖的一票，都是很珍貴的一票。』
此外，為了這次「9合1」選舉，台灣性別不明關懷協會還特別設立專線電話02-22116761，接受多元性別者投訴。他們也呼籲多元性別者的身分證照片盡量符合日常打扮，以降低遭遇特別查核身分時的尷尬。