中醫師公會全聯會發布聲明表示，國防部在記者會中說「依照過去經驗來看，有不少初篩呈現陽性反應者，最終調查發現是使用中藥、感冒藥等藥材的案例」，這根本是試圖以中藥做為掩蓋國軍毒品醜聞案的卸責之詞，在缺乏完整論述與臨床實證下，恐引發民眾對於中藥材的恐慌與誤解。
中醫師公會聲明指出，任何司法偵審機關將毒品案之被告尿液等檢體送複驗後，其複驗報告所呈現的數據資料，絕無可能出現與中藥材有關的名稱與數據，當前更無任何醫學文獻指出，服用中藥與毒品檢驗呈陽性反應有關聯性。
中醫師公會批評，國防部對於國軍毒品醜聞案，不思檢討軍紀與革新犯罪預防措施，卻率爾卸責給中醫藥，不但有失實事求是的科學精神，也難獲得國人諒解與認同。除表達嚴正抗議外，中醫師公會也請行政院與監察院主動介入查察，釐清真相，避免日後再發生此類事件，以維護醫療形象。