受到政府調漲健保費率以及實施補充保費，台灣目前健保財務狀況呈現近年來最好的狀況。審計部審計長林慶隆2日在立法院財委會備詢時表示，健保的安全準備金在2010年時，呈現負的新台幣397億；當年4月調漲費率，隔年雖然還是呈現負數，但是已經大幅降低至負的55億，到了2012年，剩餘準備金已經有210億。
儘管2013年費率調降，但因為有補充保費，因此到今年6月底止，健保的安全準備金已經達到990億。是否已達到調降健保費的標準？林慶隆則表示，相關主管機關已經在討論。林慶隆說：『(原音)健保費包括這幾年保費的提升，以及附加保費，所以目前健保費的狀況，比前這幾年好很多，包括以往虧本的情況，已經不存在，準備的部分，也照盈餘的部分，陸續提準備，附加保費也有收了一筆很大的金額，主管機關也在討論是否下修保險費。』
另外，對於消基會指控主計總處違反健保法，將政府應負擔36%的健保費短少計算，只繳了34%，導致全年有250億健保費轉嫁給民眾負擔。對此，主計長石素梅表示，這是主計總處和衛福部的法規見解不同導致，不過，衛福部已經在9月23日報請行政院核定，未來主計總處會按照政院最後裁示辦理。