洪仲丘的死亡證明，洪家家屬在4日上午，向前來致意的馬英九總統反應重開，應將死亡原因改為「他殺」，當天晚間軍檢派人親送，但內容卻又出現爭議，死亡地點改列「自宅」。儘管先前洪母和洪姊表示只能無奈接受，但洪父洪吉端在上午11時接受訪問時表達「不能接受」，他認為仲丘是死在禁閉室，死亡地點應改為「禁閉室」。
究竟洪仲丘的死亡地點要怎麼認定？國防部昨晚派員專送洪仲丘的死亡證明書到洪家，雖然死亡原因已從「意外」、「他為」改成「他殺」，但他的死亡地點，家屬發現卻列為「自宅」。洪母胡素真5日上午表示，仲丘是因為在部隊遭凌虐送醫，最後是有留一口氣再拔管，所以死亡地點寫「自宅」，對此她沒意見。洪姊洪慈庸被問到此事，她則說因選項中並無「軍中」，也只能無奈接受。
但洪父洪吉端上午11時被問及此事時，他表示「無法接受」。洪父認為仲丘是在禁閉室內遭操虐過度致死，死亡地點應該寫「禁閉室」，寫「自宅」就不對，在家裡怎麼會遭到他殺呢？
洪吉端表示，這與事實不符，「完全不接受」。死亡證明欄並未有「禁閉室」，也應該勾選「其他」，並註明地點。如果依照這份死亡證明的內容，之後進行訴訟時，這樣的認定會有爭議。洪父表示這方面會再請律師向軍檢反應，要求「改正」並儘速重開死亡證明。