這是蔡英文上任後首次主持秋祭儀式，由於年金改革引起軍公教人士不滿，醞釀9月3日上凱道抗議，因此蔡英文將如何拉攏與軍方的關係，受到關注。
蔡英文念了一篇祭文，共36句、144字，是由賴貴三所撰寫，賴貴三自民國98年就開始幫內政部寫遙祭黃陵祭文，後來也幫總統府寫春秋兩祭的的祭文。本次秋季祭文如下：「秋聲曠遠，雅樂清玄；仁心義氣，沛盛無邊。元勳革命，勇往直前；國英奉獻，任重身先。神州血淚，寶島瑚璉；三軍百姓，追步比肩。守成不易，創業惟艱；緬懷忠烈，志貫情牽。政權輪替，時代變遷；自由綠地，民主藍天。堂堂文武，亹亹俊賢；敬誠憂患，夕惕朝乾。經營擘劃，損益針砭；蒸蒸晉日，懋懋豐年。市廛鄉野，海角山巔；繁榮樂利，柢固磐堅。厚生正德，道濟萬千；孚弘顯應，惠祐昭緜。」
其中提到「政權輪替，時代變遷；自由綠地，民主藍天。」，結合今年總統大選的政壇時勢。
蔡英文也在Line、臉書上祝賀軍人節，「感謝全體國軍弟兄，站在國家的前線保家衛國。有您們的犧牲奉獻，我們才得以擁有安定幸福的生活。九三軍人節這天，請讓我們為您致上最深的敬意！」
▲總統蔡英文透過Line、臉書，祝賀軍人節。（圖／翻攝自蔡英文臉書,2016.09.03）
