周玉蔻在2014年底爆料指稱，「拿了頂新集團秘密獻金的，正是馬英九總統」，引來馬英九自訴控告周玉蔻，求償千萬元並要求登報道歉。台北地方法院認定，「周玉蔻有相當理由確信指摘內容為真實」，一審判決無罪。
二審台灣高等法院上午開庭，馬英九以告訴人身份出庭應訊時強調，他擔任公職30多年一向清廉自持，從不收受任何非法錢財，但周玉蔻卻從2014年12月22日起，在各種媒體上污衊他收受頂新集團非法政治獻金2億元，並圖利頂新集團。
馬英九指出，周玉蔻幾乎上遍台灣所有電視政論節目，靠著在節目上談論頂新案賺取通告費，「這樣以公開污衊他人130次來賺錢牟利，如果還不算惡意，那什麼才叫惡意呢？」
馬英九說，周玉蔻多次公開承認自己並沒有證據，但卻假借張榮豐的訊息對他污衊誹謗，甚至在張榮豐公開在臉書上否認此事並批判被告傳播不實、處置不當之後，被告仍然持續污衊，並妄稱張榮豐發臉書否認是受到我幕僚的威脅。
「清廉是我的生命，這是我一生奉為圭臬的信念」，馬英九強調，周玉蔻多次污衊，並長期、密集對外宣揚，謀殺他的人格，對他名譽造成的傷害，遠遠超過對一般人的傷害。
馬英九表示，當時雖然身為總統，但周玉蔻在媒體上的發言權遠遠超過他，無法接受一審判決，因起提出上訴。
馬英九說，無論是國家元首或平民百姓的名譽和人權，都應受到法律同等的保障，台灣多年來辛苦建立的法治社會，不能被少數人濫用言論自由而破壞，更不應該縱容台灣出現一個「口沒遮攔、恣意污衊、從不查證、毫無責任」的特權階級，否則保障人權只是一句空話。