行政院2009年核定台南鐵路地下化都市計畫變更案，全長全長8.23公里，經費編列293.6億元，因居民反對抗爭而停擺至今；日前終於在內政部通過變更案；不過卻因為被往東調整，且「徵用」被改為「徵收」，而引發當地民眾強烈反彈。
根據台南市府計算，鐵路地下化會影響沿線407戶居民、309棟建物，對於拆遷戶的安置，市長賴清德曾說，居民可用成本價購買照顧住宅、免頭期款，並享有台銀提供的公教人員貸款條件；居民還可選擇轉賣被分配的住宅，另尋符合自己需求的地點與住宅。
不過拆遷戶認為市府原計劃是「原軌原地施工」，借用民地建臨時軌、待地下化完工再原地重建家園，但改為路線東移擴大「徵收」土地案後，卻不重新進行完整環評，僅以「環境差異分析」敷衍環評程序。因此將提行政訴訟控告環保署，要求重啟環評。
對此，台南市府堅稱，2009年政院核定路線就是「在既有鐵路東側施工」，且原有鐵路寬度無法同時提供地面鐵路列車運轉及地下隧道施工所需空間，加上台南古蹟車站又位於現有鐵路西側，唯一方案只有「在既有道東側設置地下隧道」；不過自救會卻認為，「東移版為唯一版本」是市府與鐵工局的工程謊言。
不過自救會也提出原軌地下化方案，為了不徵收東側，自救會提出的隧道側牆寬為20公分，對此鐵工局認為，此厚度跟家中廁所一樣，安全堪虞，且除軌道需切換3次、工期較長，還要加設多個平交道；而若要符合安全標準(側牆、隧道寬度)，西側也要徵收，勢將引起更大反彈。
內政部都委會在審議時也認為，自救會版本唯一的優點，是被徵用土地地主於完工後可取回土地，但與行政院版本一樣，仍無法避免房屋遭到拆遷的命運，反而因為原軌方案的施工範圍擴大，而增加119拆遷戶，並非最佳方案。
對於自救會主張暫停核定並舉辦聽證會，花敬群表示，內政部已完成核定程序並公告，且依現行法制「無其他重大疑義尚待釐清，無須另行辦理聽證」，並強調，「南鐵審查雖不夠完美，但審議過程並不隨便」，使得南鐵爭議再度持續延燒。