反課綱群眾31日凌晨侵入教育部後，上午仍有上百人守在廣場，堅持「課綱不退、我們不退」，對此，台北市長柯文哲表示，對反課綱學生林冠華走上絕路一事，他感到很震驚，但他還是反對用這麼激烈的方法來表達意見，這樣還是不好，他也非常清楚，源頭不解決，問題還是沒辦法解決。
柯文哲說，其實他昨天一個晚上都睡不好，因為要知道教育部前面的那些學生到底在做什麼，他要求教育部長吳思華能立刻出來跟學生正面對話，「因為面對問題，是解決問題的第一步」。
柯文哲指出，這是一個意識型態爭議的問題，教育部要強推一個被法院判決不合法的政策，基本上是不對，他個人是採取一種降低衝突的方式，讓每個學校自行選擇用新課綱或舊課綱，但教育部還是要出來面對問題，「當學生有抗議，政府避不見面，學生也散不掉」。
柯文哲表示，他不希望學生受傷 ，但也不希望台北市的警察，大熱天被迫在那裡當人肉盾牌，兩邊怎麼做，他也很為難，他當然是很同情學生的意見，也不希望台北市的警察，在那裡當人肉盾牌，他也不喜歡，柯重申，希望吳思華馬上出來跟學生對話或協調，甚至妥協，總是要有一個解決的方案，「當打手要勇敢一點，不可以這樣」。
柯文哲說，學生一直卡在那裡，警察也卡在那裡，一定會出問題，就算他同情學生，但也不希望警察那麼辛苦，已經有要求警方要克制、柔性處理，但畢竟這些警察也都是人，「整夜不能睡覺，我當過外科醫生，一個晚上開刀到天亮，脾氣也會變得不好」。
柯文哲重申，所以事情要儘速解決，「再好的醫術，根本問題不解決，拖久還是會出事」。
媒體問到，是否會定調不強行逮捕？ 柯文哲表示，這也是他為難的地方，如果有過激的行動怎麼辦？「難道學生生要打警察，警察全部站著給他們打嗎？不可能嘛」，最後他再次喊話，要求吳思華立刻出來和學生對話、討論、協商、甚至妥協，「採取躲避的方式，學生是不會散掉的」。