針對立法院長王金平黨籍案過關，總統馬英九在25日罕見以個人名義發表聲明，嚴正表示失望與不能認同，他認為這是變相縱容黨員違紀。不過國民黨中央強調，新的考紀制度已通過並確實發揮功能。
馬在聲明中指出，國民黨主席朱立倫與中常會的決定，等於放棄上訴最高法院，全盤接受高等法院不合理的見解。高等法院的判決，完全昧於政黨實際的運作，忽略「人民團體法」對政黨的監督管理採取「低度管理，高度自治」原則，同時也徹底否定國民黨的考紀制度，變相縱容黨員違紀，對日後每一次重大選舉都會產生不利影響，也對黨的公信力及制度造成無可回復的傷害。
馬英九認為，此例一開，所有未來、現在、與過去違紀的黨員，都可以宣稱考紀委員會的決定未經黨代表大會通過、所作黨紀處分無效，而不予理會。
對此，國民黨文傳會主委林奕華表示，本月11日新的考紀制度上路後，隨即發揮功能，於25日中常會中，依新的考紀制度進行處理，通過32位違紀黨員的黨紀案。
林奕華說，新組成的考紀會與考紀制度功能俱全，黨內考紀問題一切依據新的考紀制度處理。
國民黨於本月11日中常會通過「國民黨各級黨部考核紀律委員會委員遴派辦法部分條文修正案」與「國民黨黨員違反黨紀處分規程部分條文修正案」，依據修訂後之考紀制度，中常會已通過聘任新的考紀委員組成新的考紀委員會。